Para hacer fragmentación de video (y todo tipo de operaciones básicas de edición) os recomiendo que probeis *virtualdub*. Es un programa open source/GNU para windows que permite entre otras cosas hacer segmentación y union de clips sin recodificar el flujo de video. Al no recodificar el video, se mantiene la calidad original, y la velocidad de proceso es impresionante.
Tambien permite hacer conversión entre todo tipo de formatos. Como curiosidad, fue uno de los unicos programas que permitia convertir wmv/asf a otros formatos, funcionalidad que desapareció hace unas cuantas versiones, ya que el formato es propietario de microsoft y esta compañia no ofrece ningun tipo de licencia a terceros.
El programa es muy sencillo de usar, y ocupa menos de un mega. Espero que os sirva.
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